La ANEP nació en el año 1986 como consecuencia de la necesidad de establecer un mecanismo de evaluación científica realizada "con el máximo rigor e independencia", que ayudara a tomar decisiones relacionadas con la financiación de proyectos de investigación y otras ayudas a la I+D+i. Las evaluaciones científicas que aportara la Agencia debían ser realizadas por expertos anónimos, basándose esencialmente en el sistema de "evaluación por pares" (peer review) y serían utilizadas por los organismos gestores para decidir mejor acerca de la financiación de ayudas y subvenciones. Desde su creación, la ANEP aporta uno de los dos elementos necesarios para la selección de actividades que pueden ser financiadas: la evaluación científico-técnica. El otro elemento, un informe sobre la oportunidad de la financiación y la adecuación a los objetivos de política científica, es de la competencia de los organismos de financiación. El hecho de que la evaluación se realice por una institución distinta e independiente a la institución responsable de la financiación, la cual toma la decisión última de financiar o no la acción, añade un mecanismo adicional de garantía de calidad de la evaluación. Así, la financiación de estas actividades, y el diseño de políticas científicas, no son funciones de la ANEP.
La ANEP ha contribuido notablemente al enorme salto cualitativo ocurrido en la ciencia española durante los últimos años y se ha convertido en un relevante observatorio científico; en esta institución se ha acumulado a lo largo de los años prácticamento toda la información y conocimiento sobre los investigadores y las actividades de investigación y desarrollo tecnológico que se han realizado y se llevan a cabo en España. Es por ello que la ANEP ha sido y sigue siendo una importante institución de apoyo al sistema español de Ciencia y Tecnología.
Instituciones que solicitan evaluaciónde I+D+I a la ANEP